Trước kia, chùa Vĩnh Nghiêm thuộc xã Đức La, tổng Trí Yên, phủ Lạng Giang, nay là thôn Đức La, xã Trí Yên, huyện Yên Dũng, tỉnh Bắc Giang nên còn gọi là chùa Đức La và lễ hội ở đây được gọi là lễ hội La. Chùa Vĩnh Nghiêm tọa lạc nơi hợp lưu của sông Lục Nam và sông Thương (gọi là ngã ba Phượng Nhãn). Chùa nhìn ra ngã ba sông, phía Lục Đầu Giang - Kiếp Bạc, vùng Cẩm Lý cửa ngõ ra vào núi Yên Tử. Bao quanh chùa là núi non trong đó có núi Cô Tiên. Bên kia sông là vương phủ của Trần Hưng Đạo, đền Kiếp Bạc.

Văn bia chùa thời Trần viết: "Đức Tổ Điều Ngự Pháp Loa khi mở tùng lâm này, còn mở chợ Đức La. Các vị vương thân quốc thích và thập phương đàn việt, phát tâm tậu ruộng đất ở tại bản xã và các hạt khác các nơi, để cúng hương dâng tam bảo muôn đời. Chùa này và chùa Sùng Nghiêm cả thảy 72 chốn tùng lâm, công đức sáng tạo, hợp khắc vào bia ở chùa Hoa Nghiêm núi Yên Tử". Một tấm bia chùa dựng khác viết: "Ðức tổ Điều Ngự (tức Trần Nhân Tông) khi mở tùng lâm này (tức chùa Vĩnh Nghiêm), mở cả chợ chùa. Các vị vương thân quốc thích và khách thập phương đã phát tâm tậu nhiều ruộng cúng cho chùa, gồm cả ruộng trong xã và ruộng ở các hạt khác nữa".

Tương truyền chùa Vĩnh Nghiêm có từ đầu thời Lý Thái Tổ (1010-1028), tên chữ là Vĩnh Nghiêm tự (永嚴寺). Thời vua Trần Thánh Tông đều có các vị cao tăng tu hành nên được tu tạo nguy nga, tráng lệ. Khi vua Trần Nhân Tông từ bỏ ngôi vua thành người tu hành đến chùa Vĩnh Nghiêm, chùa Ngọa Vân (Yên Tử) thụ giới, lấy hiệu là Hương Vân Đại Đầu Đà, sáng lập lên phái Thiền tông của Phật giáo Việt Nam. Hương Vân cùng hai đệ tử Pháp Loa, Huyền Quang sáng lập, hoàn chỉnh phái Thiền tông Việt Nam gọi là Tam tổ.

Nguyên chùa Ngọa Vân do sư Hiện Quang trụ trì, khi Hiện Quang viên tịch thì không còn nữa. Do Yên Tử là quê hương nhà Trần và nơi vua Trần Thái Tông lập phái Trúc Lâm ở đây nên Hương Vân Trần Nhân Tông thụ giới cả chùa Vĩnh Nghiêm và ở đây. Pháp Loa được ngài Hương Vân truyền pháp đã đi khắp nơi thuyết pháp, giảng bộ sách "Thiền Uyển Truyền Đăng Lục". Khi Hương Vân viên tịch, Pháp Loa làm lễ hoả táng, xây tháp mộ ở núi Yên Tử, dâng tôn hiệu là "Đại Thánh Trần Triều Trúc Lâm Đầu Đà Tĩnh Tuệ Giác Hoàng Điều Ngự Tổ Phật" gọi là Trúc Lâm đệ nhất Tổ. Rồi Pháp Loa về chùa Vĩnh Nghiêm trụ trì, xây dựng nơi đây thành trung tâm Phật giáo, đào tạo Tăng đồ và xếp đặt Tăng chức, chỉ đạo các chùa trong cả nước. Pháp Loa cho đúc 1.300 pho tượng, được đặc trách định Tăng đồ, đã có hơn 15.000 tăng ni, đệ tử, trong đó có hơn 3.000 đắc pháp, mở 200 sở đường… Cho soạn lại các sách "Đoạn Sách Lục, Tham Thiền, Yếu Chỉ". Năm 1330, Pháp Loa giao lại cho Huyền Quang đã sang chùa Quỳnh Lâm trụ trì, vài tháng sau thì viên tịch, được phong là "Tĩnh Chi Tôn Giả", làm Trúc Lâm đệ nhị Tổ.

Về Huyền Quang, vốn người làng Vạn Tải thuộc bộ Vũ Ninh (Bắc Ninh), con của Lý Ôn Hòa (quan triều Lý Thần Tông), đỗ Trạng nguyên thời Trần. Khi còn đang làm quan, Huyền Quang hộ giá đến chùa Vĩnh Nghiêm gặp Pháp Loa giảng đạo, thế là tỉnh ngộ, về triều hai lần dâng biểu từ quan được Hương Vân giao trụ trì chùa Vĩnh Nghiêm. Huyền Quang đã soạn các bộ sách lớn: Chư Phẩm Kinh, Công Văn Tập, cho in kinh Phật, phân phát cho người nghèo, viên tịch năm 1334, được ban hiệu là "Trúc Lâm Đệ Tam Đại Tự Pháp Huyền Quang Tôn Giả", làm Trúc Lâm đệ tam Tổ. Như vậy, trước khi Hương Vân đến Yên Tử, Pháp Loa đến chùa Quỳnh Lâm, thì đều đã trụ trì ở chùa Vĩnh Nghiêm. Cả ba vị Tam Tổ Trúc Lâm: Hương Vân (Đệ nhất Tổ), Pháp Loa (Đệ nhị Tổ) và Huyền Quang (Đệ tam Tổ) đều lấy chùa Vĩnh Nghiêm làm trung tâm giảng đạo. Hiện nay, trong nhà Tổ đệ nhất còn đủ ba tượng Trúc Lâm Tam tổ: trong khám là tượng Hương Vân Trần Nhân Tông, bên ngoài là tượng Pháp Loa và tượng Huyền Quang. Nơi đây đã là đất tổ của đạo Phật thời Trần, đào tạo rất nhiều Tăng đồ.

Sau này có một số vị sư từ Bắc vào Sài Gòn đã cho xây dựng một ngôi chùa Vĩnh nghiêm thứ hai tại số 339, đường Nam Kỳ Khởi Nghĩa, phường 7, Quận 3, Thành phố Hồ Chí Minh. Đây là một ngôi chùa rất nổi tiếng tại Việt Nam. Hiện, ngôi chùa này còn nổi tiếng hơn cả ngôi chùa gốc - chùa Chùa Vĩnh Nghiêm (Bắc Giang).